Pod względem organizacyjnym obóz na Majdanku składał się z sześciu wydziałów, podporządkowanych służbowo komendantowi obozu mianowanemu na to stanowisko przez Inspektorat Obozów Koncentracyjnych w Oranienburgu.
Były to:
Wydział I - komendantura (Kommandantur), zajmujący się m.in.. sprawami personalnymi i prawnymi załogi SS, zabezpieczeniem obozowi środków transportu i łączności, konserwacją broni i drobnego sprzętu wojskowego. Podlegała mu również obozowa placówka pocztowa.
Wydział II - polityczny (Politische Abteilung), będący wydziałem Głównego Urzędu Bezpieczeństwa Rzeszy na terenie obozu, do zakresu działania którego należały m.in. sprawy związane z prowadzeniem dokumentacji osobowej więźniów, ich rejestracja i nadawanie im numerów obozowych, a także inwigilacja społeczności więźniarskiej i obozowej załogi SS
Wydział III - obóz więźniarski (Schutzhaftlagerführung), odpowiedzialne za "dyscyplinę i porządek", którego zwierzchnik (Schutzhaftlagerführer) był etatowym zastępcą komendanta na czas jego nieobecności. W skład tego wydziału wchodziła również sekcja IIIa - zatrudnienia więźniów, której kierownik był stałym zastępcą zwierzchnika omawianego wydziału i odpowiadał za organizację frontu robót oraz realizację zadań produkcyjnych obozu.
Wydział IV - administracyjno-gospodarczy (Verwaltung), którego referaty i sekcje zajmowały się m.in. sprawami finansowymi, mieniem więźniów, aprowizacją obozu, zaopatrzeniem więźniów w odzież, konserwację urządzeń technicznych oraz gospodarowaniem pomieszczeniami, kierowanymi przez oficera SS, zwanego również kierownikiem administracyjnym obozu.
Wydział V - lekarz obozowy (Lagerarzt), odpowiedzialny za stan sanitarny obozu. Składał się on z 3 pionów - medycznego, stomatologicznego i apteki obozowej. Na czele tego wydziału stał naczelny lekarz obozowy SS.
Wydział VI - opieka socjalna i szkolenie ideologiczne oddziałów SS (Fürsorge-,Schulung- und Truppenbetreuung), zajmujący się sprawami zabezpieczenia socjalnego SS-manów i ich rodzin oraz indoktrynacją ideologiczną i organizacją życia kulturalnego obozowej załogi SS.
Pierwszym komendantem obozu lubelskiego został mianowany SS-Standartenführer Karl Otto Koch, który podobną funkcję pełnił w Buchenwaldzie w latach 1937-1941. W rok później następcą Kocha został SS-Obersturmbannführer Max Koegel, były komendant obozu w Ravensbrüsk. Kolejnym komendantem mianowano SS-Sturmbannführera Hermanna Florstedta (brak jego zdjęcia), a następnie SS-Obersturmbannführera Martina Weissa. Ostatnim komendantem Majdanka został SS-Obersturmbannführer Arthur Liebehenschel, skierowany z obozu w Oświęcimiu. Rozległe zadania obozu koncentracyjnego i ośrodka zagłady wykonywała liczna załoga SS-mańska (ok.1200 osób), zgrupowana w kompaniach wartowniczych i administracji. W strukturze organizacyjnej Majdanka wyodrębniono obóz dla kobiet. Dla potrzeb tworzonego obozu skierowano kilkanaście doświadczonych dozorczyń z obozu w Ravensbrück. Funkcję kierownika pełniła Oberaufsecherin - Elsa Ehrich. Majdanek posiadał również obozy filialne. Były nimi dwa obozy w Lublinie: przy ulicy Lipowej i na terenach byłej fabryki samolotów oraz obozy w Budzyniu, Radomiu, Bliżynie i Warszawie. Większość podobozów związano z zakładami produkcyjnymi SS-owskiej spółki pod nazwą "Niemieckie Zakłady Zaopatrzenia".